Il Lifestream è la linfa vitale del pianeta, che scorre nelle sue profondità, esso è l'essenza della terra, la sua energia, ed è formato dalle anime delle persone che muoiono.
I Cetra, un antico popolo nomade, avevano colonizzato la terra e riuscivano a parlare con esso, riuscivano a creare un rapporto di simbiosi con la terra, e vivevano "felici e contenti".
Un brutto giorno, però, i Cetra vennero brutalmente sterminati da un alieno di nome Jenova, soprannominato "La calamità dei cieli", che si spaccia per loro amico, ma in realtà li uccide tutti a poco a poco, infettandoli con le sue stesse cellule per impossessarsi del pianeta; però gli ultimi sopravvissuti riuscirono a sconfiggerla, e il suo corpo venne ibernato nei ghiacci del nord.
2000 anni dopo:
La Shin-Ra è una compagnia elettrica, un'organizzazione che controlla l'economia politica e militare di tutto il mondo, e ha dalla sua parte l'esercito dei SOLDIER. La Shin-Ra, per creare energia, si serve di alcuni reattori per succhiare via il Lifestream dalla terra, condensandolo nel Mako, la forma di energia che usa però così facendo sta uccidendo lentamente il pianeta.
Il professor Gast, uno scienziato ai servizi della Shin-Ra, trova il corpo ibernato di JENOVA, e comincia a creare un progetto chiamato "JENOVA Project".
Lo scopo è semplice: Gast credeva che Jenova era una degli antichi Cetra che parlavano con il Lifestream, e dunque voleva usare le sue cellule, impiantarle nei corpi umani, per dare ai soldati i poteri dei cetra e trasformarli in guerrieri potentissimi.
Ma un giorno trovano Ifalna, l'ultima Cetra sopravvissuta, che informa Gast che Jenova non è un Ancient (o Cetra) ma un alieno cattivo cattivo. Gast e Ifalna tentano allora di bloccare il progetto, ma vengono fatti fuori.
Il progetto passa nelle mani di Hojo, assistente di Gast.
Accadeva però che tutti gli umani che venivano sottoposti a questi esperimenti morivano, dunque Hojo ebbe la brillante idea di impiantare le cellule di JENOVA nel corpo di un feto ancora nel grembo.
Così ha una storia con una sua collega (ci sono un sacco di cose da dire qua AAA!!!) chiamata Lucrecia, la quale rimane incinta, e mentre il bimbo era ancora dentro Lucrecia Hojo gli inietta le cellule di JENOVA.
Il bimbo che nasce si chiama Sephiroth, e diventa uno dei più potenti SOLDIER del mondo, diventando un eroe conosciutissimo da tutti.
5 anni prima dell'inizio del gioco, durante una spedizione in uno dei reattori per controllare un guasto, Sephiroth scopre il laboratorio di Hojo e comprende che lui è "figlio" di Jenova, dunque impazzisce, distrugge il villaggio attorno al laboratorio e si reca nel reattore per liberare il corpo dell'alieno Jenova, conservato li, e riunirsi alla madre.
Sephiroth, credendosi un Cetra, ha in mente di trovare la Promise Land, una terra conosciuta solo dai Cetra, dove il Lifestream scorreva più intensamente che altrove, per sterminare la razza umana e restituire il pianeta a sua "madre" JENOVA, cosi la libera, ma prima che potesse attuare il suo piano viene sconfitto da Cloud, un ragazzino amico di Zack e Tifa, due personaggi importanti della storia.
Sephiroth, tenendo stretta la testa di Jenova, cade in un pozzo di Lifestream, e apparentemente muore.
Invece non sarà così, Sephiroth viaggerà nel flusso del pianeta e si "stabilirà" all'interno di un grosso cristallo di Materia nel cratere del nord, luogo dove Jenova era arrivata sulla terra.
La testa di Jenova e il Lifestream gli consentono di avere poteri straordinari, quindi con questi poteri crea un suo clone per recuperare la black materia, una pietra speciale che permette di evocare una meteora gigantesca.
Sephiroth infatti ha in mente di provocare uno squarcio sulla terra, cosicché tutto il Lifestream esce fuori, e lui, ibernato e congelato, lo assorbe nel suo corpo diventando un DIO, sterminando gli umani e restituendo il pianeta ai Cetra.
Nel frattempo la Shin-Ra credeva che Sephiroth fosse morto, perciò Hojo attua degli esperimenti su Zack e Cloud, che si risvegliano 5 anni dopo.
Zack, che è un soldier piu forte, rimane lucido, mentre Cloud che era un semplice soldato, rimane in uno stato praticamente vegetativo, così i due fuggono dal laboratorio e arrivano a Midgar, la città controllata dalla Shin-Ra.
Zack muore per salvare Cloud, mentre questi, per colpa delle cellule di Jenova, assume i ricordi del suo amico, e rientra a Midgar, dove ritrova la sua vecchia amica Tifa, insieme a lei e ad altri amici comincia la grande avventura per sconfiggere la Shin-Ra.
A metà gioco il clone di Sephiroth uccide Aeris, l'ultima Cetra rimasta in vita, nonché amica intima di Cloud e figlia di Ifalna (anche se Aeris viene cresciuta da una madre adottiva che la trovò in una stazione ferroviaria accanto al cadavere di Ifalna), ma prima di morire Aeris grazie alla materia bianca, da inizio al processo per evocare Holy, la magia bianca per contrastare la Meteora.
Purtroppo Cloud, che ha le cellule di Jenova, viene manovrato dal vero Sephiroth congelato, e si fa dare la materia nera, dunque succedono delle cose sconvolgenti:
Sephiroth completa la ri-unione. Ovvero riunisce tutte le cellule di Jenova trapiantate nei vari esperimenti, manipolando le cavie (fra cui anche Cloud)
Meteor viene evocata e si dirige minacciosamente verso la terra.
Attorno al cratere si forma una barriera.
Vengono liberate le WEAPONS, dei mostri che arrivano quando il pianeta è nei guai (precedentemente create dal Pianeta quando arrivò Jenova, ma poi non ce ne fu bisogno e furono anch'esse sigillate).
Grazie a Tifa Cloud viene recuperato, e riacquista i suoi veri ricordi, cioè che lui non era Zack, bensì un suo amico.
Sephiroth nel frattempo è arrivato nel centro della terra e sta succhiando molta energia vitale del pianeta, divenendo SAFER SEPHIROTH, un essere alato, divino.
La trasformazione avviene nella TERRA PROMESSA, un luogo dove vivevano i Cetra, era esattamente il fondo del famoso cratere, e siccome si trova vicino al nucleo della terra era il posto piu adatto per trasformarsi, ed era anche l'obbiettivo della shin-ra per assorbire energia per scopi di ricchezza. (a dire il vero la Promise Land non è un luogo vero e proprio, quanto piuttosto il modo dei Cetra di rivolgersi al Lifestream).
Inizia l'ultima battaglia, il gruppo guidato da Cloud scende nel cratere, affronta safer sephiroth e lo sconfigge, Meteor sta per schiantarsi, ma la materia bianca, holy, evocata da aeris, blocca la meteora.
Ma non è abbastanza, meteor è piu forte, allora lo spirito di aeris che viaggiava nel lifestream usa quest'ultimo per aiutare holy e respingere definitivamente meteor, salvando il mondo.
