L'Immortale segue le vicende di Manji, un abile samurai dotato di un enorme potere: non può essere ucciso in alcun modo e con nessun mezzo, tranne un raro veleno.
In passato Manji ha compiuto degli atti criminali, uccidendo 100 samurai (incluso il marito di sua sorella). La sua immortalità deriva dal verme Kessen-chu, che vive in simbiosi con il suo corpo e gli permette di bloccare il naturale processo di decadimento del corpo e di rimarginare in poco tempo qualunque tipo di ferita gli venga inflitta. Per liberarsi da questo verme, Manji deve uccidere 1000 "scellerati".
Durante il suo cammino Manji incontra la giovane Rin Asano, unica sopravvissuta alla strage della sua famiglia per mano degli uomini dell'Itto-Ryu. La giovane chiede all'abile samurai di aiutarla nella sua vendetta. Manji decide di aiutarla soltanto perché Rin gli ricorda la defunta sorella. Inizia così la caccia dei due ai membri dell'Itto-Ryu.
