Il gioco si focalizzerà sempre sulle cerimonie occulte e l'invocazione / fusione di mostri. Persona 3 ci proporrà di vivere giorno dopo giorno un anno d'istituto universitario, parallelamente alla vostra carriera di cacciatore di demoni. Il protagonista è un ragazzo di 17 anni arrivato all'istituto universitario di Minato Ku, che sarà rapidamente confrontato alla manifestazione degli Shadows, entità misteriose capaci di invocare creature demoniache. Contrariamente agli altri umani colpiti dai poteri degli Shadows, l'eroe avrà la capacità di invocare non solo una, ma molte Persona, il che lo farà molto rapidamente il capo delle spedizioni anti-Shadows. La vita dei vari personaggi sarà influenzata dai ritmi scolastici: gli studi durante il giorno, le avventure la sera. Tra i corsi, il giocatore potrà indagare nella zona dell'istituto universitario, e recarsi in città una volta terminate le lezioni, per acquisire nuovi oggetti. I fine settimana saranno anche l'occasione per riunirsi tra compagni di classe, per rafforzare i legami con gli altri del gruppo, e migliorare il loro potenziale di combattimento. Come in ogni istituto universitario (giapponese), molti eventi speciali si verificheranno durante l'anno scolastico, come tornei sportivi o gite di classe. Meno divertenti, invece, gli esami che costringeranno gli alunni a restare nei dormitori per studiare; essi potranno anche ammalarsi per la fatica. Naturalmente, il gioco riprenderà dalla serie il principio di raccolta di carte da collezionare per acquisire nuove Persona.