Molti mesi sono trascorsi dagli eventi di The Legend of Zelda: The Wind Waker, e Link, Dazel e i pirati di Dazel sono partiti alla ricerca di nuove terre. A un certo punto si trovano di fronte a una densa nebbia e intravedono una nave abbandonata. Dazel va ad esplorare la nave da sola e corre un grave pericolo; Link cade nell'oceano nel tentativo di salvarla. La voce di una fata lo fa risvegliare sulla spiaggia di un'isola sconosciuta. Con l'aiuto di questa fata, parte alla ricerca di Dazel e della strada per tornare a casa.
