Prima dell'uscita dalle fogna della città, succederà un evento che sconvolgerà il mondo del gioco: la morte dell'imperatore. Questi affiderà al protagonista una missione importantissima: trovare Martin, il suo figlio segreto, e portargli l'Amuleto del Drago in modo che possa precludere a Mehrunes Dagon, signore del caos e principe dei Daedra, l'invasione del mondo di Tamriel, accendendo i Fuochi del Drago nel tempio della Città Imperiale.
Ma l'amuleto va perso, rubato dai membri della setta della Mitica Alba, capeggiata dal potente e apparentemente immortale mago-stregone Mankar Camoran, e la città dove Martin vive, Kvatch, viene invasa da Daedra minori, usciti da un portale magico che spetterà al giocatore chiudere, sottraendo la pietra del Sigillo conservata in una torre al suo interno. Ora Martin chiederà al personaggio di indagare sulla setta di Camoran e cercare di recuperare l'amuleto, ma lo stregone riuscirà a fuggire rifugiandosi nel suo paradiso: il giocatore dovrà quindi recuperare nel frattempo altri oggetti magici che gli permetteranno di raggiungerlo e riportare a casa l'amuleto, e nel frattempo chiudere altri portali che si aprono un po' ovunque a Tamriel per salvaguardare la sicurezza dei cittadini. Chiudendo i portali che si apriranno all'esterno delle città di Cyrodiil, inoltre, il giocatore assicurerà i rinforzi da tutte le città.
Una volta recuperato l'amuleto e chiuso l'ultimo grande portale prima che i Daedra riescano ad invadere la città di Bruma come era accaduto con Kvatch (coadiuvati dagli alleati delle altre città), ci si dovrà dirigere nella Città Imperiale ad accendere i Fuochi del Dragone; ma una volta lì ci si imbatterà nella manifestazione fisica di Mehrunes Dagon, un enorme avatar armato di mazza ed immortale, alto più dei palazzi della città.
Compreso come ormai sia troppo tardi per accendere i Fuochi, Martin si reca nel tempio di Akatosh e rompe l'amuleto dei re, diventando così la reincarnazione di Akatosh per sconfiggere il signore del chaos. Dopo la vittoria nello scontro Martin/Akatosh diventerà di pietra morendo e il cancelliere Ocato nominerà il personaggio Grande Campione dell'impero.
.