Di solito non mi piace confondere le idee, però se spiegassi tutto sarebbe uno spoiler grande come una casa. Per il momento posso però cercare di rispondere alla tua domanda con un'altra domanda:
"Che cos'è la verità?" (cit. da Codice d'Onore)
Sephiroth, come tutti, conosce la sua verità, che non necessariamente deve essere quella reale. Essendo anche l'antagonista, tendenzialmente non è che ci sia molto da fidarsi.. quindi sarebbe meglio definirla come "teoria". Ebbene, la teoria di Sephiroth è che dopo che Nibelheim è andata a fuoco, qualcuno (che doveva essere Cloud fino a quel momento, ma Sephiroth dice di no, perchè è il tizio coi capelli neri) lo ha raggiunto nel reattore per eliminarlo. Successivamente Hojo ha preso cellule di Jenova, presenti nel reattore di Nibel, le ha fuse con i ricordi di Tifa (che era presente al reattore subito prima dello scontro fra il tipo dai capelli neri e Sephiroth) e ha generato un costrutto, che poi sarebbe Cloud. In sostanza dunque Cloud non esiste, perchè il "cloud" di Tifa (quello della promessa sotto le stelle) era un'altra persona, scomparsa chissà quando. Il costrutto clone di Sephiroth e con cellule di Jenova ha preso quindi il posto del "cloud" di Tifa, diventando un Cloud fake.
Hojo c'entra perchè ha clonato Sephiroth dopo la sua scomparsa, potenziato con cellule di Jenova e il tutto è stato fuso coi ricordi di Tifa, che veramente aveva conosciuto un Cloud nella sua infanzia, ma che non può essere lui. Almeno questo è quello che dice Sephiroth. La teoria è provata, sempre da Sephiroth, dal fatto che Cloud non si ricorda quando si è arruolato in SOLDIER, viene manipolato dalla volontà di Sephiroth e ha qualcosa a che fare con Jenova. L'unica cosa a cui si aggrappava Cloud per il suo passato era la frase di Tifa "Da quanto tempo..", e la reticenza di Tifa al rivelare la verità è l'ennesima prova che confermerebbe la teoria del "buon" Sephiroth. Al resto della trama la sentenza se questa teoria è vera oppure no.