MOOOLTO a grandi linee la trama racconta del pericolo costituito dal Judge of Wings, una malvagia entità (femminile), che minaccia il continente volante di Lemures e la pacifica esistenza dei suoi alati abitanti. questi vivevano in precedenza isolati dal resto del mondo grazie a una barriera magica innalzata dalla loro grande divinità, barriera che è andata distrutta a causa dell'esplosione della negalite artificiale durante FF12.
vaan, penelo, tomaj è company grazie ad una airship "presa in prestito" potranno viaggiare per questo continente sconfiggendo gli sgherri del Judge of Wings nonchè gli aviopirati che mirano a rubare tutte le auraciti, pietre magiche che ora non ricordo a cosa servano nella trama, ma che nel sistema di gioco permettono di sbloccare i patti con gli espers da chiamare in battaglia.
